Pupuk organik seperti pupuk kandang, pupuk hijau, dan kompos bisa diperkaya dengan mikrob seperti Trichoderma (dekomposer), mikrob penghasil antipatogen, mikrob pelarut P, dan bakteri penambat N.
Pemupukan berimbang adalah pemberian pupuk ke dalam tanah dengan jumlah dan jenis hara sesuai dengan tingkat kesuburan tanah dan kebutuhan tanaman untuk mencapai hasil yang optimal.